产生肠道菌群失调的原因首要有以下几个：
1、饮食要素
俗话说“病从口入”，长时间过多摄入肉类或蔬菜、进食熏烤或油炸类食品以及腐败蜕变等被细菌污染的食物，会使肠道内有利细菌削减、有害细菌增多、条件致病菌“变坏”，形成肠道菌群失调。此外，肠道菌群的首要能量来源为食物中的膳食纤维，如果饮食中缺乏膳食纤维，则肠道菌群会被活活“饿死”，菌群的多样性将明显下降，形成肠道菌群失调。
2、年纪要素
随着年纪的增长，人体免疫功用削弱，抵抗力下降，肠道内各类菌群的数量和分布将逐渐产生改变。双歧杆菌等有利细菌数量削减，而产气荚膜杆菌等有害细菌数量增加，最终或许导致肠道菌群失调产生。
3、环境要素
我们的日子环境在必定程度上决定了肠道菌群的生存环境。气候温度的改变，营养状况的好坏，日子作息的方法，酒精与烟草的影响，乃至毒品等有害物质的自动和被迫触摸，都会影响肠道菌群的结构，形成肠道菌群失调。
4、不合理用药
我们都知道，抗生素可以“灭菌”，所以抗生素的运用可导致肠道菌群改变，而改变的程度取决于抗生素的“灭菌方针”和在肠道内的浓度。乱用抗生素导致抗生素相关性腹泻，便是肠道菌群失调症的一种表现。此外，长时间不合理运用泻药及含有助泻成分的瘦身药物，同样会损坏肠道内菌群平衡。
5、遗传要素
人体基因构成与细菌基因构成之间有着明显的习惯关系。在基因构成相互习惯的基础上，两者一起组成代谢产品。这些代谢产品产生交叉反应，相互影响，保持肠道菌群的稳定平衡。由基因突变导致的肠道菌群失调诊断困难，需要借助专业的基因检测手法。
